Мне тоже PyCharm в таком виде не особо вкатил, лень пока было разбираться с кастомностью в сендбоксе.One of Flatpak’s main goals is to increase the security of desktop systems by isolating applications from one another. This is done using sandboxing and it means that, by default, a Flatpak has extremely limited access to the host environment.
Но, если очень хочется:
Т.е никто не мешает тебе пересобрать flatpak файлзиллы, включив туда необходимй редактор (или еще полсистемы) в эту же песочницу, хоть в /opt хоть в /usr/bin и юзать как хочется.Well, thats just not how sandboxes work: they isolate applications from each other and from the host system. If you want deep integration, you can ship the auxiliary software as part of your flatpak, and have it run in the same sandbox.
Или ждать что кто-то сделает это за тебя. Не исключено же, что если твоя хотелка востребована - то возможно появтяся на флэтхабах какой нибудь
filezilla org.filezillaproject.Filezilla+SublimeText 
