В случае UEFI - будет. Т.к. по умолчанию, EFI раздел только один, соответственно - если отключить диск где он находится (со всеми загрузчиками), то грузится не будет вообще ничего. Мало того, еще и из самой UEFI запись об отсутствующей физически EFI (загрузчике) может быть стерта автоматически - некоторые прошивки таким грешат.
Выхода два:
1. Делать для каждой оси отдельный EFI вручную на ее собственном диске. EFI разделов может быть несколько. (Только не все оси дадут выбрать, на какой именно EFI будет установлен их загрузчик. В частности винда - не даст, использует первый из найденных.)
2. Выделить отдельный диск еще и для EFI раздела. Благо, что можно обойтись флешкой (записи туда почти нет), или просто диском для данных, где самих осей не будет. (Правда, винда флешку может и не принять как подходящее место для EFI.)