Я как-то перестал улавливать вашу логику. то вы говорите, что это железо делает. Теперь - что ОС... В одном я с вами согласен - юзер этим в принципе не занимается. Этим должен озаботится админ - хотя бы на уровне: убедиться, что конфигурация стандартна и думать на эту тему больше не надо.
А вот если используется не совсем стандартный вариант - косяк может и вылезти. В частности, в линуксе дисковая подсистема не есть что-то монолитное, корректная поддрежка TRIM должна быть в реализации FS и ядре (благо сейчас она по дефолту есть). А FUSE - это вообще юзерспейс.
Ничего удивительного. Данные то на диске не менялись, Новой маркировки и очистки блоков для старых данных не было.
Вот если бы весь диск был очищен после этого - возможно, результат бы появился. В прочем, ntfs-3g в любом случае тянет за собой FUSE.
UPD: я тут загуглил - ntfs-3g не поддерживает TRIM официально. Вообще. Точка. Как и все остальное, что работает через FUSE.