Долбался целый час, все оказалось не так банально

Если кратко - нужно перед закидыванием скинов добавить пакет vlc-plugin-skins2
- Открываем "Менеджер программ" и вбиваем в поиск "vlc-plugin-skins2". Без этого плагина кнопка "Выбрать" при выборе "другой стиль" будет неактивна!
или в консоли sudo apt install vlc-plugin-skins2
1 способ исключительно через меню самого VLC
- Открываем VLC -> "Инструменты" -> "Модули и расширения"
- Клацаем в открывшемся окне "Найти другие дополнения в сети"
- Выбираем пункт "Оболочки" и ставим понравившиеся. Напротив них загорится надпись "Установленые"
- Далее идем в "Инструменты" -> "Настройки" -> "Интерфейс". Нажимаем "другой стиль" и потом кнопку "Выбрать".
- В открывшемся диалоговом окне не отображаются скрытые папки, так что вручную вбиваем в поле "File name" /home/user/.local/share/vlc и жмем Enter (в этом пути user надо заменить на ваше имя пользователя)
- Далее выбираем папку skins2 и название нужного скина (в моем случае marmor.vlt). Нажимаем "Open"
- Нажимаем кнопку "Сохранить" чтобы сохранить выбор нашего скина, и закрываем VLC. Он применится только после перезапуска.
2 способ.
- Качаем скины с оф сайта которые понравились и кидаем их в папку /home/user/.local/share/vlc/skins2, где user это имя вашего пользователя (на самом деле как я понял можно в любую папку...)
- В настройках интерфейса нажимаем выбрать, или просто вбиваем в поле вручную полный путь до скина.
- Нажимаем сохранить и перезагружаем VLC